В какой-то момент 1980-х годов мир превратился в арену битвы между Федерацией и Империей. Последняя видит себя преемницей злобных Баддов, также известных как Назз. Однажды Федерация узнаёт, что лидер Империи, генералиссимус Киллт, решает завершить незаконченный проект под кодовым названием «Альбатрос», начатый Баддами. Федерация отправляет своего героя Супер Джо, чтобы помешать планам Империи, но его захватывают. Лэдд Спенсер, член специального батальона FF, отправляется на спасение Супер Джо и раскрытие секретов врага.

Эта версия Bionic Commando основана на оригинальной аркадной игре и её компьютерных версиях, имеет различные уровни и сюжет. Главный герой — солдат с бионической рукой, которая удлиняется и сжимается. Его рука позволяет ему хвататься за неподвижные объекты, чтобы раскачиваться и взбираться на платформы, что является единственным способом сделать это из-за отсутствия способности прыгать. Рука также хватает противников и притягивает их к персонажу игрока.

После большинства уровней Бионический Коммандос получает предметы. Часто эти предметы необходимы для успешного прохождения других уровней. Кроме того, для каждого уровня потребуется коммуникатор разного цвета, чтобы понимать поток сообщений.