Добрый день, понимаю вас. Если эмулятор поддерживает управление с геймпадом, то конечно все будет работать. Есть просто два типа эмуляторов, просто под сенсор, самые простые, и уже более интересные которые работать могут не только с сенсором но и геймпадами, а так же могут иметь просто колоссальное кол-во настроек.
Если у вас эмулятор из первой серии, то вам нужно будет установить что то другое. Если не боитесь сложностей то рекомендую RetroArch, отличный комбайн который поддерживает много платформ, но разобраться в нем будет сложно, и нужно делать привязку клавиш в некоторых играх, что в целом в нем выполнено не так что бы удобно... но не обязательно пробовать именно данный эмулятор, их крайне большое кол-во, и как правило большинство из них свободно работает с геймпадами без предварительной настройки, разве что сега, тут 6 кнопочное управление что по сути исключение.
Второй вопрос, тут тоже относиться к эмулятору, по тем причинам что я указал выше, либо эмулятор сам поймет что есть геймпад и уберет сенсорное управление, либо не уберет но это отключаемо.