В отличие от большинства игр серии Final Fantasy , Dissidia — это скорее файтинг, чем классическая ролевая игра. Тем не менее, она сохраняет сложный сюжет, прокачку персонажей и возможность их кастомизации. В игре представлены главные герои из других частей Final Fantasy, по два персонажа из каждой серии (протагонист и антагонист). Сюжет вращается вокруг битвы двух богов, Космоса и Хаоса. Протагонисты будут формировать команды, чтобы сражаться с армиями Хаоса и найти их кристаллы, которые позже будут использованы для уничтожения Хаоса. У каждого персонажа есть своя собственная кампания, в конце которой он получит кристалл.
В игре также есть одиночный бой и аркадный режим, где игрок сможет выбрать своего бойца и противника (противники автоматически выбираются игрой в аркадном режиме). Весь опыт и навыки персонажа, полученные в ходе кампании, сохраняются для других режимов игры (и наоборот, например: если уровень Клауда был равен 12 при прохождении кампании, то он также будет отображаться с тем же уровнем в списке персонажей в аркадном режиме или режиме быстрой битвы).
Ещё одна особенность заключается в том, что найденные вами во время кампании предметы принадлежат вам, игроку. Это значит, что вы можете перемещать предметы с одного персонажа на другого. В игре также есть дополнительный контент, такой как злодеи, костюмы и т. д., которые можно разблокировать, используя PP (очки опыта). Вы получаете такие очки за каждый бой и пройденную кампанию.