Доктор Эрик Чайников был одним из величайших учёных в истории. После того как неудавшийся эксперимент лишает его жены, он уходит в добровольное изгнание на отдалённый островной архипелаг. Оттуда он объявляет о создании технологии «Сигма», позволяющей ему создавать новых существ из двух обычных животных. Мировое сообщество не обращает никакого внимания на Чайникова, которого все считают свихнувшимся.
В 1937 году Чайников посылает своему сыну Рексу письмо, умоляя его навестить отца. Рекс Ченс — в прошлом военный журналист — отправляется на архипелаг. Там он узнаёт, что его отец был убит главным антагонистом игры — Аптоном Джулиусом — и клянётся отомстить убийце. В этом ему помогает помощница усопшего, доктор Люси Уиллинг. С её помощью, Рекс быстро понимает как работает Сигма и узнаёт о прошлом своей семьи. Проводя всё больше времени возле Сигмы, он осознаёт что в нём пробуждаются латентные способности. Эти способности, по сути, делают его сверхчеловеком, позволяя ему помогать своим существам в бою.
Прогресс Люси и Рекса тормозят верные помощники Джулиуса: Уайти Хутен, китобой с медленными, но мощными существами, Велика Ла Пет, орнитолог-аристократка, чья армия, в основном, состоит из летающих существ, и доктор Отис Гэнглион — сумасшедший учёный-ветеринар, чьи существа можно смело называть адскими отродьями.
В конце игры, главным героям удаётся уничтожить Джулиуса и его приспешников. Но затем раскрывается причина латентных способностей Рекса — он является случайным первичным результатом опытов с Сигмой, человеком с ДНК тысяч животных. Финальная заставка (сцена объятий с Люси) показывает, что глаза Рекса не имеют зрачков, что также случается с существами, созданными Сигмой.