Древний военачальник-самурай возвращается и собирает новую демоническую армию, чтобы покорить мир. Но вместо того, чтобы нанимать ненадежных приспешников, он превращает невинных животных в грозных воинов. Мастер ниндзя замечает, как каждое превращение нарушает равновесие природы, вызывая бури и землетрясения, и решает отправить своих лучших учеников-ниндзя на восстановление порядка. Когда никто из них не возвращается, у него остается последний выбор: молодой ниндзя Хиро и его прямолинейный друг Футо. Игроки управляют персонажами в различных мирах, используя вид от третьего лица с относительной свободой исследования окружения. Заблудившись, персонажи могут медитировать, чтобы получить подсказку и увидеть стрелку, указывающую направление к следующей цели.
В ходе игры они будут следовать за другими воинами и в конечном итоге освободят четверых из них, сделав их играбельными. Игрок может переключаться между любыми персонажами в любой момент. У каждого ниндзя есть разные способности. Хиро — универсал и единственный ниндзя, который может использовать заклинания Кудзи. Открываемые путем поиска и молитв в скрытых святилищах, заклинания включают в себя огненные шары, вихри и способность входить в духовную форму, в которую можно вселяться в животных, чтобы сражаться. Они также облегчают обнаружение предметов и коллекционных предметов в окружающей среде. Животные заперты в клетках, но также появляются, когда враг побежден, и они возвращаются в свою первоначальную форму. Футо владеет большим молотом и особенно полезен для сражений с более крупными врагами. Другие персонажи, которые становятся доступны по ходу игры, — это Сузуме, молодая девушка с флейтой, которая очаровывает врагов своей игрой, Шун, мастер владения луком, Тора, который думает, что он тигр, и в доказательство этого имеет большие металлические когти, и акробатка Куноичи с длинным копьем.
Персонажи обладают базовыми атаками, а также способностью прорывать защиту, оглушая врагов, и способностью блокировать удары. Среди акробатических приёмов — прыжки по стенам, бег по стенам и висение на уступах. У всех персонажей есть режим скрытности, в котором они могут прятаться в траве или других местах, чтобы наносить больше урона при атаке или просто избегать столкновений. Здоровье восстанавливается сбором фруктов, а в окружении можно найти коллекционные предметы. Приобретая новые рецепты, эти предметы можно добавлять в зелья, бомбы и бонусы. Повышайте уровень персонажей, чтобы получить лучшие способности, и у каждого из них есть своя направленная атака, наносящая больше урона.